Հայաստանում բահայի համայնքները ծագել են դեռ Բահաուլլայի օրոք, երբ Հայաստանը մտնում էր Ռուսական կայսրության կազմի մեջ։ 1889թ. ռուսաստանյան դատարանը պատմության մեջ առաջին անգամ ճանաչեց Բահայի հավատի անկախ բնույթը` որպես ինքնուրույն կրոնի և հանդես եկավ որպես դրա հետևորդների պաշտպան։ Այդ տարիների Հայաստանի համայնքները ունեին նաև կառավարման վարչական մարմին` բահայիների Ազգային Հոգևոր Ժողովը, որի իրավասությունները տարածվում էին նաև Անդրկովկասի բահայիների վրա։
Հայաստանի բահայիների 1–ին Ազգային Հոգևոր Ժողովի անդամները
1990-ականների սկզբին բահայի Սիրանուշ Այվազյանը տեղափոխվեց Բրազիլիայից Հայաստան՝ հետևելով հայրենիքում ապրելու իր բուռն երազանքին։ Այդ դժվարին ժամանակներում, առանց էլեկտրականության, ջեռուցման և բավարար սննդի, նա միևնույն է կյանքից մեծագույն բավարարություն էր ստանում: Նրա տունը մի վայր էր, որտեղ հարևանները ջերմ հյուրընկալության և հյուրասիրության էին արժանանում: Նա բոլորի հետ կիսվում էր նրանով, ինչն իր կարծիքով ամենակարևորն էր` Բահաուլլայի մարդասիրական ուղերձով: Միակ որդին՝ Հակոբը և թոռը՝ Էդմոնդը հաճախ էին այցելում նրան։ Լինելով նվիրված բահայիներ՝ երկուսն էլ աջակցում էին Սիրանուշին Հայաստանի բահայիների համայնքին ծառայելու և տեղական միասնական համայնք կառուցելու գործում:
Հայաստանի անկախության առաջին տարիներին բահայի համայնքնում կար ավելի քան 500 անդամ: Նախ 1994 թվականին պետական գրանցում ստացավ Երևանի Բահայի համայնքը: Ավելի ուշ՝ 1996 թվականին գրանցվեց Հայաստանի Բահայի համայնքը: Հետևելով Բահայի հավատքի կառավարման սկզբունքներին՝ 1995 թվականին համայնքն ընտրեց իր առաջին ղեկավար մարմինը՝ Հայաստանի Բահայիների Ազգային Հոգևոր Ժողովը, որը իրավասու է Հայաստանի բոլոր բահայիների համար։
Ազգային պատվիրակները՝ համագումարի ժամանակ, 2022թ
Ամեն տարի ապրիլին բոլոր մարզերից Հայաստանի բահայիները հավաքվում են Ազգային Համագումարում՝ ընտրելու հաջորդ Ազգային Հոգևոր Ժողովը: Հայաստանի բահայի համայնքի այս բարձրագույն մարմինը պատասխատու է տեղի համայնքի զարգացման և լուսավորչական գործունեության համար: Նա ապահովում է ելքը դեպի ԶԼՄ-ներ, գրականության հրատարակումը, համայնքի նյութական միջոցների տնօրինումը, բահայի օրենքներին վերաբերող հարցերով հավատացյալների խորհրդատվությունները և շատ այլ պարտականություններ։ Ժողովն ուղարկում է իր ներկայացուցիչներին տարածաշրջանային և միջազգային համաժողովների և հավաքների, ներկայացնում է համայնքը Հայաստանի բարձրաստիճան պաշտոնյաների, մարդու իրավունքների և միջազգային կազմակերպությունների հետ հանդիպումներում: Հայաստանի բահայի համայնքին ուղղվող ֆինանսական միջոցները գոյանում են Հայաստանում բնակվող բահայիների անանուն նվիրատվությունների միջոցով։ Այսպիսով Ազգային Հոգևոր Ժողովն ունի ֆինանսական անկախություն և իր հայեցողությամբ ուղղում է տվյալ ֆոնդերը սոցիալ-տնտեսական զանազան ծրագրերի իրականացման համար։ Հայաստանի Բահայիների Ազգային Հոգևոր Ժողովը 1994թ մասնակցում է իր Միջազգային կառավարող մարմնի ընտրությանը, որը հայտնի է որպես Արդարության Համաշխարհային Տուն, որն ուղղորդում է ամբողջ միջազգային համայնքը:
Բահայիները չունեն հոգևորականներ կամ այլ առանձին անհատներ ղեկավար պաշտոններում, ովքեր իրավասու են որոշումներ կայացնել: Համայնքի կառավարման մոդելը նկարագրված է Բահայի գրվածքներում և կառավարման մարմիններն ընտրվում են ժողովրդավարական ճանապարհով: Այս տեսակի կառավարման համակարգը ձևավորվում է տեղական, ազգային և միջազգային մակարդակներում: Յուրաքանչյուր Հոգևոր ժողով բաղկացած է ինը հոգուց, որոնք ընտրվում են համայնքի 18 և ավելի բարձր տարիքի անդամների կողմից: Բահայի հոգևոր ժողովները վերընտրվում են ամեն տարի:
Բարձր տրամադրությամբ, ազատ որևէ ճնշումից և նախընտրական արշավից, յուրաքանչյուր չափահաս բահայի գաղտնի քվեարկության ժամանակ գրում է ինը թեկնածուների անունները: Ինը բահայիները, ովքեր ստանում են ձայների մեծամասնությունը, ընտրվում են Հոգևոր ժողովի անդամներ, և համայնքը սրտանց ընդունում է նրանց որպես իր ղեկավար մարմին: Իսկ նորընտիր ղեկավար մարմնի պաշտոնակատար անձնանց (օրինակ՝ նախագահ, փոխնախագահ, քարտուղար և գանձապահ) ընտրում են Ժողովի ինը անդամները ձայների բացարձակ մեծամասնությամբ: Այս անդամները պաշտոնավարում են մեկ տարի՝ համակարգելով իրենց իրավասության ներքո գտնվող հարցերը:
Բահայիների ընտրությունների ընթացակարգը սկզբունքայնորեն տարբերվում է քաղաքականությանը հայտնի բոլոր ընտրական համակարգերից։ Այսպիսով ընտրությունները բահայիների կյանքի ևս մեկ յուրահատուկ ոլորտ են։ Նրանցում իրացվում է պարտականությունների և ազատությունների հավասարակշռությունը, որի նմանը չկա աշխարհի ոչ մի քաղաքական համակարգում, յուրաքանչյուր մարդ ընտրում է իր խղճի համաձայն: